売却益が0円なら税金はかからない?譲渡所得の特別控除と配偶者控除・基礎控除の落とし穴

土地や建物等を売却した際、「収用等の特別控除」や「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除」などを利用することで、税金の計算上、譲渡益(売却益)がゼロになることがあります。

特別控除の適用を受けると売却益が0円になることを示す図

「利益がゼロになるなら、税金はかからないはず」と思っていませんか?
実は、申告をすると思わぬ税金が発生するパターンがあります。

ここが勘違いしやすいポイント

譲渡益が特別控除(3,000万円など)で相殺されてゼロになっても、「配偶者控除」や「基礎控除」が減ったり、なくなったりする可能性があります。
その結果、年末調整を受けた後に確定申告をすると、追加で税金を払わなければいけないケースがあります。

売却益が0円でも配偶者控除・基礎控除が減り、年末調整後の確定申告で税金を追加で払うことがあることを示す図

なぜ税金が発生してしまうのか?

これは、税金の計算に使われる「合計所得金額」の判定ルールが原因です。
合計所得金額とは、給与や売却益などの所得を合計した金額です。

配偶者控除や基礎控除の判定に使う金額は、「特別控除を引く前」の金額なのです。

  1. 売却による利益(譲渡益)
    売却価格 - 取得費・経費
  2. 合計所得金額
    この金額で、配偶者控除・基礎控除などの判定を行います。まだ3,000万円などの特別控除は引きません。
  3. 売却益にかかる税金の計算(課税される譲渡所得金額)
    ここで初めて特別控除を引きます。特別控除を引いて0円になれば、売却益への税金はかかりません。

売却による利益、合計所得金額、売却益にかかる税金の計算の順に進み、判定は特別控除を引く前の合計所得金額で行うことを示す図

具体的な事例で見てみましょう

会社員の方が年末調整後に確定申告をするケースです。

【モデルケース】

  • 本人の給与収入:700万円
  • 土地建物の譲渡益:700万円
  • 特別控除額:3,000万円

一見すると、譲渡益700万円に対して特別控除が3,000万円あるため、売却益に対する税金はゼロです。
しかし、他の税金に影響が出ます。

給与収入700万円・譲渡益700万円・特別控除額3,000万円のモデルケースの図

項目 金額 備考
給与所得 520万円 給与収入700万円から換算
譲渡所得(控除前) +700万円 特別控除前の金額を足します
合計所得金額 1,220万円

給与所得520万円に特別控除前の譲渡所得700万円を足して、合計所得金額が1,220万円になる図

① 配偶者控除への影響

配偶者控除を受けるためには、本人の合計所得金額に制限(1,000万円以下など)があります。

合計所得金額が1,000万円を超えてしまったため、配偶者控除は受けられなくなります。

年末調整で受けていた配偶者控除額(38万円)がゼロになり、その分の税金を追加で納める必要が出てきます。

合計所得金額1,220万円が要件の1,000万円を超え、配偶者控除が38万円から0円になる図

② 基礎控除への影響(令和8年分の例)

基礎控除の金額も、合計所得金額によって変動します。

  • 年末調整時の基礎控除:67万円
  • 確定申告時(譲渡益加算後):62万円

合計所得金額が1,220万円になったことで、基礎控除額が減ってしまいました。この「減った控除額」に対しても税金がかかることになります。

基礎控除が年末調整時の67万円から確定申告時の62万円に減る図

【結論】追加で納める税金

① なくなった配偶者控除分 + ② 減ってしまった基礎控除分

この合計額に税率をかけた金額が、確定申告での納付税額として発生します。

なくなった配偶者控除分と減った基礎控除分に税率をかけた金額を、確定申告で追加で納める図

※年末調整を受けていない場合や、もともと配偶者控除を受けていない場合は、このような逆転現象は起こりません。

配偶者が売却した場合の「扶養」判定にも注意

配偶者が土地建物等を売却し、扶養に入れるかどうかを判定する場合も同様です。

扶養判定のルール
判定には「譲渡所得の特別控除を引く前の金額」を使います。

  • × 間違い:特別控除で利益が0円になったから、扶養に入れる。
  • ○ 正解:特別控除前の利益が基準を超えていれば、扶養から外れる。

扶養の判定も特別控除を引く前の金額で行い、0円になったから扶養に入れるは間違いであることを示す図

インターネット上の記事などで「控除後の金額で判定するので扶養に入れます」といった間違った情報を見かけることがありますが、誤りですので十分ご注意ください。

※本記事は所得税法および住民税の扶養に関する説明です。社会保険の扶養については別途確認が必要です。

まとめ

  • 特別控除で売却益が0円になっても、年末調整を受けた後の確定申告で、税金を追加で払うケースがある
  • 配偶者控除・基礎控除の判定は、特別控除を引く前の合計所得金額で行う
  • 配偶者の扶養の判定も、特別控除を引く前の金額で行う

売却益が0円でも税金を追加で払うことがあり、配偶者控除・基礎控除や扶養の判定は特別控除を引く前の金額で行うことのまとめ

※本記事は一般的な考え方をまとめたものです。実際の取扱いは個別の状況により異なります。

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