インボイス関係の消費税の改正

インボイス制度の導入から数年が経過し、これまで免税事業者からインボイス発行事業者に登録した方を対象とした「2割特例」が令和8年9月30日をもって終了します。この記事では、2割特例終了後の対応方法や、インボイス発行事業者以外からの仕入れに係る経過措置の段階的縮小など、実務で押さえておくべきポイントをわかりやすく解説します。

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2割特例とは?その概要と終了時期

基準期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者で、インボイス発行事業者の登録により免税事業者から課税事業者となった方に対し、消費税の計算を簡便化する「2割特例」が設けられていました。

図①
【2割特例の概要と適用期間】
▍ 適用対象者
・基準期間の課税売上高が1,000万円以下
・インボイス登録により
 免税事業者 → 課税事業者となった方
▍ 計算式
売上の消費税
- 売上の消費税 × 80%
= 納付税額
(実質、売上消費税の2割のみ納付)
適用期間:令和8年9月30日までの日の属する事業年度で終了
 個人事業者:令和8年分(令和8年1月1日〜12月31日)まで
 3月決算法人:令和8年4月1日〜令和9年3月31日の事業年度まで

2割特例終了後の対応:個人事業者と法人で異なる

2割特例が終了した後は、個人事業者と法人で対応が分かれます。個人事業者には「3割特例」という経過措置が設けられていますが、法人には適用されません。

図②
【2割特例終了後の対応:個人事業者 vs 法人】
👤 個人事業者
3割特例(経過措置)
売上の消費税
- 売上の消費税 × 70%
= 納付税額
※実質、売上消費税の3割のみ納付
対象期間:令和9年・令和10年分の消費税確定申告
・卸売業(みなし仕入率90%)、小売業(80%)などは簡易課税が有利になるケースも
・多額の設備投資等がある場合は一般課税が有利になるケースも
🏢 法人
いずれかを選択
簡易課税
みなし仕入率で計算
一般課税
実際の仕入税額で控除

3割特例が受けられない事業者

個人事業者向けの3割特例にも、適用除外となるケースがあります。以下に該当する場合は適用できないため注意が必要です。

図③
【3割特例が受けられない事業者】
法人(法人は3割特例の対象外)
インボイス発行事業者でない消費税の納税義務者
基準期間における課税売上高が1,000万円超の事業者
課税期間を短縮している事業者など

簡易課税制度の届出期限(特例あり)

2割特例・3割特例を受けていた事業者が簡易課税制度に移行する場合、通常の届出期限ルールとは異なる特例が設けられています。

図④
【簡易課税制度の届出期限】
原則
適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに届出
▍ 2割特例・3割特例を受けていた場合の特例
法人(3月決算)
令和9年3月31日まで2割特例を受けた場合
→ 翌課税期間(令和9年4月1日〜令和10年3月31日)の申告期限(令和10年5月31日)までに届出
個人事業者
令和10年分まで3割特例で申告した場合
令和11年分の申告期限(令和12年4月1日)までに届出
💡 通常より届出期限が延長される特例です。しかし期限を過ぎると翌々課税期間からしか適用できなくなるため、早めの検討・届出をお勧めします。

インボイス発行事業者以外からの仕入れ:控除率の段階的縮小

インボイス発行事業者ではない者(免税事業者など)からの課税仕入れは、原則として仕入税額控除ができません。ただし、経過措置として一定割合の控除が認められていましたが、令和8年10月1日以降は段階的に縮小され、最終的には控除不可となります。

図⑤
【インボイス発行事業者以外からの仕入れ:控除率の推移】
期間 控除率 ポイント
〜令和8年9月30日 80% 経過措置(現行)
令和8年10月1日〜令和10年9月30日 70% 10ポイント縮小
令和10年10月1日〜令和12年9月30日 50% さらに20ポイント縮小
令和12年10月1日〜令和13年9月30日 30% さらに20ポイント縮小
令和13年10月1日以降 控除不可 経過措置終了
⚠️ 重要:この規定は課税期間ではなく日付で区切られます。同一課税期間内でも令和8年10月1日をまたぐ取引は控除率が変わるため注意が必要です。

少額特例(1万円以下の取引)の期限

基準期間における課税売上高が1億円以下等の事業者については、1万円以下の取引についてインボイスの保存なく全額控除できる「少額特例」が設けられています。

図⑥
【少額特例の概要と終了時期】
▍ 対象事業者
基準期間の課税売上高が
1億円以下等の事業者
▍ 特例内容
1万円以下の取引は
インボイス不要で
全額仕入税額控除可能
▍ 終了時期
令和11年
9月30日まで
それ以降はインボイス保存が必要
💡 令和11年10月1日以降は、1万円以下の取引であってもインボイスの保存が必要になります。事前に帳票管理の体制を整えておきましょう。

まとめ:今から準備しておくべきこと

インボイス関連の消費税改正は、事業者の規模・形態によって対応方法が大きく異なります。2割特例の終了を見据えて、簡易課税・一般課税どちらが有利かを早めにシミュレーションし、必要であれば簡易課税制度の届出を忘れずに行うことが重要です。また、免税事業者からの仕入れが多い方は、控除率の段階的縮小がコストに直結するため、取引先のインボイス対応状況の確認もあわせて進めることをお勧めします。

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