譲渡所得の特別控除と税金の落とし穴

2026-03-07

譲渡所得の特別控除について

土地や建物等を売却した際、「収用等の特別控除」や「居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除」などを利用することで、税金の計算上、譲渡益（売却益）がゼロになることがあります。

「利益がゼロになるなら、税金はかからないはず」と思っていませんか？
実は、申告をすると思わぬ税金が発生するパターンがあります。

⚠️ ここが勘違いしやすいポイント！譲渡益が特別控除（3,000万円など）で相殺されてゼロになっても、
「配偶者控除」や「基礎控除」が減ったり、なくなったりする可能性があります。

なぜ税金が発生してしまうのか？

これは、税金の計算に使われる「合計所得金額」の判定ルールが原因です。
配偶者控除や基礎控除の判定に使う金額は、「特別控除を引く前」の金額なのです。

売却による利益（譲渡益）
（売却価格－取得費・経費）

↓

★ 合計所得金額 ★
ここで各種控除（配偶者・基礎控除等）の判定を行います！
まだ3,000万円などの特別控除は引きません。

↓

課税される譲渡所得金額
（ここで初めて特別控除を引きます）
※ここが0円なら、売却益自体への税金はかかりません。

会社員の方が年末調整後に確定申告をするケースです。

一見すると、譲渡益700万円に対して特別控除が3,000万円あるため、売却益に対する税金はゼロです。しかし、他の税金に影響が出ます。

配偶者控除を受けるためには、本人の合計所得金額に制限（1,000万円以下など）があります。

合計所得金額が1,000万円を超えてしまったため、配偶者控除は受けられなくなります。
年末調整で受けていた配偶者控除額（38万円）がゼロになり、その分の税金を追加で納める必要が出てきます。

基礎控除の金額も、合計所得金額によって変動します。
（※以下の数字は本事例における概算です）

年末調整時の基礎控除 63万円

↓

確定申告時（譲渡益加算後） 58万円

合計所得金額が1,220万円になったことで、基礎控除額が減ってしまいました。
この「減った控除額」に対しても税金がかかることになります。

【結論】追加で納める税金

① なくなった配偶者控除分＋ ② 減ってしまった基礎控除分

この合計額に税率をかけた金額が、確定申告での納付税額として発生します。

※年末調整を受けていない場合や、もともと配偶者控除を受けていない場合は、このような逆転現象は起こりません。

配偶者（奥様や旦那様）が土地建物等を売却し、扶養に入れるかどうかを判定する場合も同様です。

判定には「譲渡所得の特別控除を引く前の金額」を使います。

× 間違い：特別控除で利益が0円になったから、扶養に入れる。
○ 正解：特別控除前の利益が基準を超えていれば、扶養から外れる。

インターネット上の記事などで「控除後の金額で判定するので扶養に入れます」といった間違った情報を見かけることがありますが、誤りですので十分ご注意ください。

※本資料は所得税法および住民税の扶養に関する説明です。社会保険の扶養については別途確認が必要です。

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